记一次iGEM校赛

校赛的组队来源于一起做实验的好友,一起做实验做了有一年了吧。大化实验-仪器分析-分子生物学-生物化学-iGEM实训-PET降解酶实验。每一次实验经历都是一次对彼此的更加深入的了解。

到了要开始组队的那天。“你iGEM组队了吗?”“没呢?要不一起?”“那就来吧!”“我又两个朋友还没组队呐,要不也拉上一起?”“可以啊!带兵就是要多多益善。”

我是腊月二十六回家的,二十七那天去买一买对联,置办一些年货,又去买了四包口罩(一共二十块),二十八把对联贴上,打扫打扫卫生,二十九在家里帮母亲炸豆腐、炸丸子、过一遍油。大年三十夜,疫情便是彻底来袭,电视里的春晚花红酒绿,远方的武汉疾祸成灾。

大年夜,一夜未眠。

初一,一大早便开始搜寻相关资料。那天并未看到新冠相关的研究论文,于是开始看一些SARS病毒相关论文,有分子对接,药物构想,序列分析等等。

项目的一些苗子便是从这些论文开始展开。看到这些论文之后,便是引导同学们向这些方面开始引导。不久,一位队友便是发现了关于病毒启动子预测的相关论文,但是这篇论文时间已经很久远了,这是一篇2005年的论文。

启动子预测这个事情听上去也是感觉是比较成熟的技术了。但是,没有经过考证的感觉是不可信的。于是便是开始看一些世界上的启动子预测的进展,十五年间,关于病毒启动子预测虽然是有所进步,但是却还是有很大的漏洞,并没有形成一个专业的体系。也有一些做病毒启动子预测的公司,却是感到异常繁琐。

G7a2RA.png

也有NCBI等一系列做启动子预测的工具,但是却并不是针对病毒的,因为病毒和其他生物并不相同,不同科目的病毒之间都具有很大的差异,所以其准确率什么的都是有很大问题的。于是,病毒启动子预测这个课题便是由此确定了下来,我们也是开始研究启动子预测的相关原理以及算法。

研究途中免不了再去看论文,查资料。很偶然的一次机会,我接触到了Vina这个分子对接软件,在github上看到了这个项目https://github.com/QVina/qvina,还有相关的一些介绍https://qvina.github.io/compilingQvina-w.html

之后,又是发现了pyMOL,AutoDock等一系列分子对接工具,这三个工具各有优缺,如果将他们三个化为一个呢?于是,我们的分子对接工具便是由此而生。

接着就是项目书的综述和Presentation的准备的了,项目书是比较容易准备的,Presentation的形式创意我便是稍稍有点独裁,便是直接自己想了采访问答的形式,也是由此不和队员商量先行做了PPT和初版讲稿,现在想来这样子做还是利大于弊的。

之后便是实战演练了,我们找了另外两个实验队,大家互相给各自提出问题,提出建议,大家也是互相从中学习,不断更正,不断纠错,不断提升。

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三个队伍最后揽尽第二名

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三军过后尽开颜吧,新冠逐渐得以防控,开学的日子不远了。愿一切安好。

评论

  1. Allyson
    2年前
    2020-4-11 8:27:45

    多年以后何塞·阿尔卡蒂奥·布恩迪亚·颖再回看这时候的郫都塞,他知道,坐着飞毯发光的人,出自当初一起相互帮助的他们~

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